根據益生菌在兒科應用的循證臨床實踐指南，不同疾病所推薦的益生菌如下：
兒童急性腹瀉病
布拉酵母菌散，雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌四聯活菌片，枯草桿菌二聯活菌顆粒，酪酸梭菌活菌散劑，酪酸梭菌二聯活菌散，地衣芽孢桿菌活菌顆粒，複合乳酸菌膠囊，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片和雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊。
遷延性及慢性腹瀉病
布拉酵母菌散，雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊，雙歧桿菌四聯活菌片，枯草桿菌二聯活菌顆粒，酪酸梭菌活菌散劑，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片和複合乳酸菌膠囊。
抗生素相關性腹瀉（AAD）的預防
布拉酵母菌，酪酸梭菌二聯活菌散，雙歧桿菌三聯活菌散/膠囊，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，酪酸梭菌活菌散劑，枯草桿菌二聯活菌顆粒，和地衣芽孢桿菌。艱難梭菌相關性腹瀉推薦使用布拉酵母菌。
化療相關性腹瀉（CID）的防治
酪酸梭菌二聯活菌散，雙歧桿菌四聯活菌片，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片和地衣芽孢桿菌活菌顆粒。
乳糖不耐受
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，枯草桿菌二聯活菌顆粒，雙歧桿菌三聯活菌散和酪酸梭菌二聯活菌散。
功能性便秘
雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌三聯活菌腸溶膠囊，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，枯草桿菌二聯活菌顆粒，酪酸梭菌二聯活菌散，布拉酵母菌和地衣芽孢桿菌。
幽門螺桿菌（Hp）感染
布拉酵母菌，雙歧桿菌四聯活菌片，酪酸梭菌二聯活菌膠囊，枯草桿菌二聯活菌顆粒，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片和雙歧桿菌三聯活菌散/膠囊/腸溶膠囊。
新生兒壞死性小腸結腸炎
雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，酪酸梭菌活菌散劑，布拉酵母菌，酪酸梭菌二聯活菌散，枯草桿菌二聯活菌顆粒和雙歧桿菌四聯活菌片。
新生兒黃疸
枯草桿菌二聯活菌顆粒，雙歧桿菌三聯活菌散/膠囊，地衣芽孢桿菌活菌顆粒，布拉酵母菌，雙歧桿菌四聯活菌片，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片和酪酸梭菌二聯活菌散。
早產兒餵養不耐受
雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌三聯活菌膠囊/腸溶膠囊，枯草桿菌二聯活菌顆粒，酪酸梭菌活菌散，布拉酵母菌散，酪酸梭菌二聯活菌散和雙歧桿菌活菌膠囊。
過敏
雙歧桿菌三聯活菌散，雙歧桿菌乳桿菌三聯活菌片，雙歧桿菌四聯活菌片，酪酸梭菌活菌散劑，枯草桿菌二聯活菌顆粒，凝結芽孢桿菌活菌片，布拉酵母菌散和酪酸梭菌二聯活菌散。
參考：中華預防醫學會微生態學分會兒科學組《益生菌兒科臨床應用循證指南》
